廈門大學翔安校區位于廈門市翔安區新店鎮，北依香山山脈、南臨翔安南路、東接沙美村、西連茂林村，距思明校區34公裏。校區占地面積3645畝，規劃建築面積115萬平方米，現已投入使用60萬平方米。校區主要建築恢弘大氣，延續思明校區“嘉庚建築”風格，注重建築與環境的和諧統一。

翔安校區主要用于發展：一是重點布局生命、醫學、藥學、海洋、環境、生態、新能源等新興學科和應用學科；二是重點構築一批新興應用學科的國家級、省部級科技創新平台；三是重點建設中國孔子學院總部南方基地。醫學院、藥學院、公共衛生學院、生命科學學院、海洋與地球學院、環境與生態學院、國際學院以及能源研究院等8個學院已于2012年9月入駐。翔安校區將成爲新興應用學科高層次創新人才培養的重要基地，成爲科技創新和産學研合作的重要基地，成爲支撐全球孔子學院發展的重要基地。對于服務國家、福建和廈門市經濟社會發展，促進經濟發展方式轉變，爲發展戰略性新興産業提供科技和人才支撐具有重大意義。

學校在翔安校區設立黨工委和管委會，下設辦公室、學生辦、教務辦、保衛辦、財務辦、資産後勤辦、基建辦等常設機構，並在此基礎上設立學生事務大廳、教職工事務大廳、心理咨詢中心、校園一卡通中心、後勤服務中心等服務部門。

學校將按照“一次規劃、分期建設”的原則，繼續有計劃、有步驟地推進校區基本建設，到2015年基本完成一期建設工程，到2021年建校百年之際，基本完成翔安校區建設任務。